Embedded Files
Алгоритмы биоинформатики в исследовании ортологов генов человека
Спикеры конференции — Вера Булавинова, Виктория Орлова, Анастасия Унтилова, Иван Ямбаршев, Варвара Громова.
Статьи к курсовой работе
Часть 1. Поиск данных
Часть 1. Поиск данных
Часть 2. Программирование
Часть 2. Программирование
Часть 3. Интерпретация
Часть 3. Интерпретация
Гости конференции
Гости конференции
Марита Вонбеновна Ярмолинская — преподаватель робототехники и информатики, руководитель детского научного центра "Искра", методист ИМЦ Адмиралтейского района, Ирина Александровна Сарамуд — учитель биологии и математики 255 школы, закончила Политехнический университет по специальности "Физико-химическая биология и биотехнология", Тимофей Михайлович Черкасов, к.т.н. — преподаватель электроники в АЦТ и в школе 255, Татьяна Николаевна Сляпцова — учитель биологии, Елена Владимировна Алампиева — заместитель директора, Оксана Владимировна Макарова — основной преподаватель биологии, Максим Юрьевич Клоков — преподаватель программирования и информатики, другие преподаватели и гости.
Вели конференцию преподаватели биоинформатики Андрей Андреевич Макашов и Татьяна Геннадьевна Чикадзе.
Содержание конференции
Содержание конференции
В качестве итоговой работы в прошлом году десятиклассники делали курсовой проект, в котором искали в базах данных ортологи заданных генов человека, писали 2 приложения - в одном считали среднюю скорость мутаций, во втором - сравнивали последовательность гена человека и других организмов, интерпретировали и сравнивали результаты. Защита проходила в виде конференции, на которой присутствовали преподаватели Биотопа и гости из других школ. Видеозапись этой конференции и пояснения выложены на этой странице.
Спикеры конференции — Вера Булавинова, которая рассказывала о поиске данных, Вика Орлова представляла способы построения филогенетических деревьев, Настя Унтилова рассказывала о своих приложениях для обработки найденных данных на Python, Иван Ямбаршев рассказывал о реализации описания мутаций, Варя Громова рассказывала о сравнении и интерпретации результатов.
В рамках работы ребята писали два приложения на основе изученного алгоритма глобального выравнивания Нидлмана — Вунша. Первое приложение считала среднюю скорость мутаций по всем парам ортологов. Второе приложение сравнивало все ортологи с геном человека. Строилось выравнивание, рассчитывалась средняя скорость мутаций, оценивалась схожесь аминокислотных последовательностей по Blosum 62. Одна из команд построила отчеты по мутациям для каждой пары. Выравнивания и результаты отчетов записывались в результирующий файл.
В работах использовался GUI библиотеки Python Tkinter.
Page updated
Google Sites
Report abuse